После провозглашения независимости Молдовы и получения Гагаузией статуса автономии, все православные церкви Гагауз Ери вошли в Комратско-Кагульскую епархию.
Комратский Собор святого Иоанна Предтечи был построен еще в 1848 году. По сегодняшний день его посещают сотни верующих из Комрата и близлежащих сел.
В Конгазе, Комратского района, находится церковь Святой Троицы с двадцатиметровой колокольней. Она была построена в 1883 году на средства прихожан. Церковь украшена трехъярусным иконостасом и самобытной росписью.
В 1840 - 1860 годах построена Свято-Вознесенская церковь в Чок-Майдане.
С 1880 года действует бешалминская церковь Святого Великомученника Победоносца Георгия.
А вот в селе Кырланены возрождение церкви только начинается. Здесь в 2000 году был организован церковно-приходской совет и открыт молитвенный дом для совершения богослужений.
Авдарминский храм в честь Святого Архангела Божия Михаила был построен в 1863 год на средства, собранные прихожанами. В1946 году советская власть церковь закрыла. Более сорока лет, до возобновления действия храма в 1988 году, местные жители сохраняли по домам иконы и ритуальные предметы богослужения.
В селе Кирсово, Комратского района, находится церковь Успения Божьей матери постройки 1898 года.
Свято-Успенский храм действует в Чадыр-Лунгском Томае. При нем работают библиотека и воскресная школа.
Церковь в селе Гайдары, Чадыр-Лунгского района, была построена в 1905 году. Она носит имя Успения Божьей Матери.
Храм Святого Великомученника Георгия в Казаклии был построен в 1740 году. Это старейший храм в Гагаузии.
Свято-Никольский храм в селе Барчи был построен в 1896 году.
Храм в селе Джолтай назван в честь Святой Троицы. Он построен в 1895 году.
В Бешгиозе находится храм Всех Святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла.
В городе Вулканешты действует церковь Покрова Пресвятой Богородицы.
Этулийская церковь носит имя Святого Афанасия, а в селе Чишмикиой, Вулканештского района, церковь названа в честь Успения Божьей Матери.